Het begon allemaal in 1820 toen Peru een oorlog begon tegen het Spaanse rijk dat Zuid Amerika koloniseerde. De Argentijnse generaal Jose de San Martin was van plan Lima binnen te vallen en de Spaanse onderkoning besloot dat het het beste zou zijn om alle rijkdommen uit het oorlogsgebied te verwijderen voor bewaring en om terug te keren als ze veilig waren.

De Spanjaarden gaven de gerespecteerde Britse kapitein William Thompson en zijn schip Mary Dear de opdracht om de huidige schat van Lima te beschermen. Vaten vol met gouden munten, zilver, diamanten en een massief gouden levensgrote beeld van de Maagd Maria. Toen de kapitein deze fabelachtige schat zag werd hij verblind door de rijkdom en maakte met zijn mannen een plan om de schat te stelen. Alles werd ingeladen op de boot en het schip kreeg enkele Spaanse soldaten en priesters mee aan boord. Kapitein Thompson en zijn hebzuchtige mannen vermoordden uiteindelijk alle Spaanse soldaten en priesters aan boord en gingen op weg naar Cocos Island, waar ze de enorme schat begraven.

Toen de Spanjaarden hiervan op de hoogte kwamen stuurden ze onmiddellijk een Spaans oorlogsschip achter hun aan. De Spanjaarden slaagden erin om het schip te vinden en overvielen ze. De bemanning werd veroordeeld, behalve kapitein Thompson en zijn eerste stuurman die beiden ermee instemden om te zeggen waar de schat begraven lag en deze op te halen. Maar ze ontsnapten allebei zodra ze op het eiland waren geland en werden nooit terug gevonden. Honderden ontdekkingsreizigers hebben sindsdien geprobeerd de schat te lokaliseren, maar zijn daar niet in geslaagd.

Toen de Duitse avonturier August Gissler in 1897 de officiële gouverneur van Cocos Island werd, was hij niet geïnteresseerd in de kleine groep tabakstelers die daar woonden, van wie hij de meesten uit zijn thuisland had meegenomen. Hij was geobsedeerd door het lokaliseren van de fabelachtige schat. Hij had in de loop der jaren een uitgebreid systeem van ondergrondse tunnels uitgegraven tijdens zijn zoektocht. Hij verliet het eiland uiteindelijk in 1908 na het verzamelen van aanwijzingen over waar de schat zich bevond, maar liep alleen weg met een paar willekeurige munten.
Ontdekkingsreizigers hebben meer dan 500 expedities op het eiland uitgevoerd, maar zonder succes tot de regering de toegang uiteindelijk verbood. In 2012 meldden Britse en Canadese media uitgebreid dat avonturier / ingenieur Shaun Whitehead een groot archeologisch onderzoek zou uitvoeren op het eiland met behulp van grondpenetrerende radar en slangencamera. Hij heeft hiervoor echter nooit toestemming voor gekregen.

De schat van Lima zou niet de enige schat geweest zijn die daar begraven lag. Andere piraten vonden het ook een geschikt eiland om hun buit te begraven. Zo zou de Portugese piraat Benito Bonito er een fabelachtige 350 ton aan goud begraven hebben. Dit zijn echter geruchten, maar van de schat van Lima zijn documenten bewaard gebleven zijn. Zo hebben ze onder meer de inventaris van deze schat terug gevonden.
De inventaris van de schat werd nauwkeurig opgeschreven door de priesters.
Een kist met gouden kelken allemaal bedekt met in totaal 1.244 edelstenen
Een kist met 2 gouden relikwie van 120 pond met 624 topazen en smaragden en 12 diamanten.
Een kist met 3 relikwie beelden van gegoten metaal van 160 pond met 860 robijnen, 19 diamanten en andere edelstenen.
Een kist met 4.000 dubloenen met Spaanse markering, 124 zwaarden, 5.000 kronen van Mexicaans goud, 64 dolken, 120 schouderriemen en 28 ronde schilden.
8 kisten van cederhout en zilver met 3.840 geslepen stenen, ringen en 4.265 ongeslepen stenen.
Zeven kisten met 22 kandelaars in goud en zilver met een gewicht van 250 pond en 164 robijnen.
Een 7-voet massief gouden beeld van de Maagd Maria met het kindje Jezus. Met een gewicht van 780 pond, versierd met 1.684 juwelen, waaronder 4-inch smaragden, 6-inch topaas en 7 kruisen gemaakt van diamanten.

Het mysterie is nog niet opgelost en volgens de overlevering zou de geschatte waarde 1 miljard Euro zijn aan schatten die op het eiland verborgen liggen.